Pembunuhan, pengintaian, dan penyusupan mewajibkan ninja untuk memiliki senjata untuk melindungi diri. Senjata-senjata tersebut beserta trik-triknya antara lain :

• Bom asap dan firecracker sering dipakai untuk melarikan diri atau untuk mengalihkan perhatian musuh. Ozutsu (meriam) yang mereka buat dapat digunakan untuk meluncurkan percikan api atau peluru ke arah lawan. Untuk menghalangi pandangan, digunakan juga metsubushi. Metsubushi diisi dengan bubuk besi atau pasir dan ditaruh dalam ruas bambu atau telur imitasi, lalu diemparkan ke seseorang. Setiap klan ninja mempunyai ‘ramuan’ rahasia untuk membuat bubuk-bubuk yang dipakai untuk bom.

• Ninja memakai cincin yang disebut shobo. Dipermukaan shobo terdapat cekungan-cekungan kecil. Shobo diguakan untuk memukul lawan pada titik lemah lawan, yang dapat memnyebabkan kelumpuhan sementara.

Shuriken adalah senjata tajam kecil yang dilempar. Shuriken digunakan untuk mengalihkan perhatian. Terkadang shuriken dilumuri racun sehingga ketika dilempar ke lawan, akan menimbulkan kelumpuhan (tergantung seberapa kuat racun yang diberikan).

• Ada yang mengatakan kalau ninja mempunyai pedang khusus yang disebut ninjato atau shinobigatana. Ninjato lebih kecil dari katana tetapi lebih besar dari wakizashi. Sampai saat ini ninjato belum pernah ditemukan, keberadaannya hanyalah spekulasi belaka. Versi lain dari pedang ninja adalah shikoro ken (pedang gergaji). Shikoro ken dapat digunakan untuk membuka jalan masuk ke sebuah gedung dan untuk melukai lawan.

• Trik lain untuk mengelabui lawan adalah menggunakan Ashiaro. Ashiaro adalah semacam alas kayu yang ditempelkan di tabi (semacam kaus kaki tebal yang dipakai ninja bersama sandal). Ashiaro dapat berbentuk seperti telapak kaki binatang atau kaki anak kecil dan digunakan untuk meninggalkan jejak yang tidak mencurigakan.

• Beberapa ninja menyamar menjadi petani. Jadi senjata mereka (kama, misalnya) dapat mempunyai 2 fungsi, baik untuk senjata maupun alat bertani. Ninja juga mengandalkan tangan mereka dalam bertarung. Mereka membungkus tangan mereka dengan kulit, kain, atau sarung tangan besi untuk melindunginya.